De l'Estany se'n té constància per primera vegada en un document de l'any 927. El 990 el noble Sendred de Gurb dóna l'església de l'Estany a la seu de Vic com a garantia reservant-se'n l'ús de fruit, però és el 1080 quan Belissenda de Gurb-Queralt en va acordar una donació als bisbes de Vic.
L'any 1080 Berenguer Seniofred de Lluçà, addicte a la reforma agustiana havent intentat, sense èxit, reformar la canònica catedralícia de Vic, instal·là en la església de Santa Maria de l'Estany un grup de joves que seguien la regla de Sant Agustí, que era refusada pels altres canonges.
El 3 de novembre de 1133 consagra l'església l'arquebisbe de Tarragona Sant Oleguer acompanyat dels bisbes de Vic, Ramon, i el de Girona, Berenguer. El 1264 el monestir és erigit abadia i en va ser el primer abat en Ferrer de Calaf. El 1375 la comunitat constava de dotze canonges i dotze beneficiats. Com en molts llocs de Catalunya, l'Estany també fou sacsejat pel terratrèmol del 24 de maig de 1448 que enderrocà les voltes de l'església i el campanar. El 1451 en feren les obres de restauració.
El 1554 l'abat Carles de Cardona manà enfondir i eixamplar dos dels recs principals del sistema de canals o rases a l'aire lliure que existien des de l'edat mitjana per dessecar l'estany -ja que si era bo per la caça, l'aigua estancada feia que els insectes escampessin el paludisme-. El 1595, per ordre de Felip II, el papa Climent VIII extingeix les canòniques agustinianes a Espanya i el 1603 la comunitat torna a l'Estany amb caràcter de col·legiata. L'any 1737 finalitzen les obres de construcció de la Mina, una obra d'enginyeria feta de pedra seca de més de 400 metres de llargada que aconsegueix dessecar l'estany i guanyar terres de conreu. Les obres són promugudes per Les Cinc Dignitats Reials, 5 canonges de les diòcesis de Girona, Vic i Barcelona que actuen com a co-senyors o co-barons. El 1775 es produeix l'extinció de la comunitat i l'església passa a ser parròquia.
El poble nasqué prop del monestir i, encara que la seva gent seguia de prop els afers del monestir, feia vida a part, tenint la capella de Santa Cecília pel seu servei religiós. La seva dedicació fou l'agricultura i la ramaderia fins que a principis del segle XX començaren a arribar petites indústries tèxtils.
A l'Estany van néixer Josep Tresserras i Molera i Joan Codina Puigsaulens, ambdós historiadors locals. També Felip Graugés i Camprodon (1889-1973), insigne poeta mestre en Gai Saber, i Josep Roig i Ginestós (1898-1993), notable ceramista.
El 3 de juny de 1931 el monestir és declarat Monument Nacional i el 1966 comencen les obres de restauració, que s'inauguren el 9 i el 12 d'abril de 1970.